Het orgel in deze kerk werd in 1893 gebouwd door de Amsterdamse orgelmakers Petrus Josephus Adema & Zn. De plaatsing van het orgel wijkt af van wat in kerken lange tijd gebruikelijk is geweest. In veel oude protestantse, maar ook nog in veel in de 19e eeuw nieuw gebouwde R.K. kerken, plaatste men het orgel op een koor/orgeltribune tegen de westwand, boven de hoofdingang. Dat wil zeggen: in de as van het schip. Bij grote kerken had dit tot nadeel dat er een enorme afstand tussen koor, orgel en altaar was.
Jos (Petrus Josefus Hubertus) Cuijpers plaatste het orgel in Nes als transept-orgel aan de oostzijde van het noordtransept volgens een oude traditie. Hij ontwierp de koor/orgelgalerij boven de noorderzijkapel van het priesterkoor, achter het orgel, zodat het koor dicht bij het altaar aanwezig kon zijn. Volgens Dr. Ton Van Eek, die in 1984 een rapport over het orgel opmaakte, is dit een unieke locatie. Slechts het transeptorgel van de Kathedrale Basiliek van St. Bavo te Haarlem, eveneens een schepping van Cuypers, staat op dezelfde plaats.
De plaatsing van het orgel zoals Cuijpers hanteerde, vond zijn oorsprong in de vóór-reformatorische periode, waarin de instrumenten nog weinig omvangrijk waren. Dit was bedoeld voor de begeleiding van de massale gemeentezang, zoals die gebruikelijk was bij de kerken van de Reformatie. Het was ook bestemd voor begeleiding en ondersteuning van de figurale zang van het kerkkoor en als intoneringsinstrument voor de dienstdoende priester.
Omstreeks 1984 zijn er serieuze plannen geweest om het orgel, dat door de liturgische vernieuwingen als gevolg van Vaticanum II in een ongunstige opstelling was komen te verkeren, op de begane grond te plaatsen en wel in het zuidertransept. Dit zou een zware ingreep in de architectonische integriteit van het als samenhangend geheel door Cuypers ontworpen kerkinterieur hebben betekend. Gelukkig zag men van dit voornemen af en staat het orgel tot op heden op de door Cuypers bedoelde plaats. Het is inmiddels door de Katholieke Klokken en Orgelraad voorgedragen voor plaatsing op de lijst van monumentale orgels.
In sommige grote protestantse kerken zijn kleine transeptorgels behouden gebleven, zoals in de St. Bavo te Haarlem, het Noordorgel en in de St.Laurens te Rotterdam een transeptorgel. In sommige R.K. kerken, waar het orgel oorspronkelijk op een koor/orgel galerij boven de westelijke hoofdingang stond, heeft men deze weggehaald en het veelal op de begane grond opgesteld, in het noord- of zuid-transept. Bijvoorbeeld in Hilversum - St. Vitus, Heemstede - St. Bavo, Keerenveen - R.K. Parochiekerk.
Klik op
orgelkast voor een beschrijving.